Сектор за заштита на животната средина ги врши работите поврзани со заштитата, преземањето мерки и спречување од загадување на воздухот, водата, почвата, заштита и влијанието на органската и неорганската хемиска технологија врз животната средина и унапредување на природата и зеленилото, заштита од бучава и нејонизирачко зрачење, адаптација и намалување на климатските промени, стратешко планирање во животната средина преку подготовка на стратешки, плански и проектни документи и следење на нивната имплементација на подрачјето на градот Скопје, обезбедува тимска работа на одделенијата во својот состав и ја координира својата работа со другите сектори во рамки на администрацијата на Град Скопје.